針對特偵組今（6）日前往台北看守所與前總統陳水扁共同進行「扣押疑似內裝公文之密封紙箱計58箱」啟封程序，扁辦上午發布新聞稿，指稱這些資料都是由總統府秘書處幕僚打包封箱，陳水扁本人並不清楚內容，同時也批評特偵組「越俎代庖、違法濫權、包山包海」查扣及準備開啟這些文件資料，係有政治設計與目的的政治迫害行為。

扁辦表示，陳水扁認為「侵占公文案」並不是屬於法院組織法第63條之1規定特偵組應有之職權範圍，特偵組已經嚴重破壞司法檢察機關的權責分工，同時也侵犯了扁的司法人權，批評特偵組淪為馬英九總統政治御用工具充當政治打手的又一司法惡例，也是台灣司法再度蒙羞受創的違法、違憲作為。

扁辦說，陳水扁既然不曾看過這些疑似文件、資料的幕僚打包封箱物品，在法律上已欠缺「侵占公文罪」的主觀犯意，而且扁曾在今年6月22日指示扁辦發文給總統府及特偵組協商處理相關文件事宜，更證明扁對這些資料文件並無任何侵占意圖，「否則豈會主動發文告知特偵組、總統府稱扁辦尚有兩年多前被特偵組搜查過且尚留存在扁辦的封箱資料文件呢？」

扁辦批評，特偵組以「侵占公文罪」大帽子來對扁進行打壓，「明顯是別有用心的政治圖謀，根本讓人難以苟同」。