學者憂心非台灣原料製成品仍可以ＭＩＴ標識出口，既傷台農產外銷，還摧毀台灣品牌。

自由經濟示範區拍板定案，農委會主委陳保基保證境內關外設計透過「前店後廠」方式可以建構整體農業價值。陳保基表示，透過境外原料在自由經濟示範區讓農產加值，加工後再外銷，讓農業不再只是產品交易，而是建構整體農業加值。他更強調，日前經濟部估台灣加入跨太平洋夥伴協議（ＴＰＰ），農業年產值將減少新台幣七百億元的評述「不足採信」。

至於進口產品在自由經濟示範區加工後，掛上ＭＩＴ品牌外銷，會不會打壓到台灣農產品？陳保基以草藥、茶葉為例指出，台灣加工技術經得起檢驗，雖然兩者進口量都比國產多，透過「前店後廠」概念可以讓價值延伸，也因此並不考慮限制ＭＩＴ產品中台灣原料比例。

對此，陳保基實在大錯特錯！廠商以後可以自中國進口便宜的黑心藥材及劣質茶葉來台灣加工或包裝，再以ＭＩＴ來欺騙消費者，甚至國外的進口商。以有害劣質的物品來傷害台灣形象品牌。

中興大學應用經濟系特聘教授陳吉仲擔心，掛上ＭＩＴ的示範區產品，一定會衝擊使用台灣農產原物料生產的產品的外銷市場商機，分食台灣農特產品的外銷市占率，因為都掛ＭＩＴ，無法判別。

世新大學社發所助理教授蔡培慧表示，非台灣農產製成品標上ＭＩＴ，是摧毀台灣品牌，如果台灣凍頂烏龍茶卻是國外的茶葉，要消費者如何接受？

台大農經系教授陸雲表示，台灣將來與各國簽約時，開放市場不能避免，「真正的關鍵是我們準備好了沒？」如何對外談判、對於因應政策有沒有效都是掛勾在一起，「我們這方面的準備太少了，該擔心的是台灣根本沒有競爭力。」