由陳水扁總統發起，備受台南鄉親矚目的台南一邊一國連線，在27日選舉中開出亮麗成績，所有成員包括民進黨籍賴惠員、侯澄財、陳朝來、王峻潭、林志聰、曾王雅雲、李文正、唐碧娥、邱莉莉、王定宇10人與無黨籍郭秀珠、施重男2人，合計12人全數上壘，其中第2選區賴惠員、第3選區侯澄財、第4選區郭秀珠、第7選區林志聰、第8選區王峻潭、第12選區邱莉莉、第13選區李文正、第14選區王定宇等8人更以選區第一名佳績前進市議會。
一邊一國榮譽團長，前總統府秘書長陳唐山表示，雖然民進黨中央將27日這場選舉定調為「城市治理」的戰爭，較不願碰觸國家定位及ECFA等議題，但對台南鄉親而言，這卻是一場紮紮實實反傾中的選戰，所以標舉顧主權及廢除ECFA的一邊一國連線能全數上壘，意義特別深遠。另陳唐山強調，這張成績單已彰顯出台南鄉親對扁案的看法，對日以繼夜全力追殺陳水扁的媒體是一記當頭棒喝，也提供給主張與扁切割的部分黨內同志一個不同思考空間。
連線南部總幹事林義雄表示，連線在10月1日成立，這段期間他感謝所有媒體的關注與報導及所有連線成員的全力以赴。至於連線的未來走向林義雄表示，開票結束後確實有許多鄉親期許連線應更加凝聚持續運作，但這部分要等到連線全國會議後，才能作最後決定。